После оформления электронной транзитной декларации и каждому электронному документу, размещенному в архиве, на основании которых составлена ЭТД, присваивается уникальный идентификационный номер (УИН).
В таможенный орган одновременно с ЭТД представляется перечень документов, размещенных в ЭАДД, с указанием реквизитов.
Таможенным органом проводится контроль этих документов на соответствие структуре и форматам, а также подлинности электронной подписи.
Существует несколько способов представления сведений таможенному органу об идентификационном номере ЭТД: письменная, устная и электронное сообщение с помощью специализированных программных средств – при наличии взаимодействие между информационными системами декларанта и таможенных органов, это самый популярный и наиболее оптимальный способ подачи сведений об УИН.